O arquivo e as câmaras municipais são indissociáveis, nascem e crescem lado a lado. As primeiras referências sobre o arquivo do Concelho de Mafra surgem cedo, com a designação de "arca do concelho" (primeira referência em 1671), onde se guardava o "cofre dos pelouros" e os documentos mais importantes na fundação e governança da terra – entre os quais os forais, tombos, posturas municipais, contratos de arrematação, etc., ficando à guarda do escrivão da Câmara.
Em determina altura os Paços do Concelho deixaram de ter espaço suficiente para o arquivo da instituição, existindo na segunda metade do século XIX relatos sobre o arrendamento de uma casa para albergar o respetivo "cartório". Por esta altura os efeitos das reformas administrativas, concretamente a de 24 de outubro de 1855, foram sentidos na incorporação dos cartórios/arquivos dos extintos concelhos da Azueira, Carvoeira, Cheleiros, Enxara dos Cavaleiros, Ericeira e Gradil, a par dos cartórios/arquivos das respetivas Administrações do Concelho, no arquivo da Câmara Municipal de Mafra.
Nas últimas décadas do século XIX e, sobretudo, no século XX os arquivos ganham novas dimensões concetuais, nomeadamente a histórica e a cultural. O século XXI trouxe aos arquivos novas competências, o da preservação da memória coletiva. O reconhecimento desse papel contribuiu para o enriquecimento do arquivo do Município de Mafra, por via de doações e depósitos de coleções e de arquivos particulares, de natureza vária, como fotografias, gravuras, cartazes, postais, entre outros (ver catálogo).